Cuộc sống đầy mạo hiểm của Cựu hoàng Dom Pedro đã làm suy yếu sức khỏe của ông và khiến ông mắc bệnh lao và qua đời ngày 24 tháng 9 năm 1834.[18] Amélie tôn trọng các điều khoản trong di chúc của chồng. Ông ấy đã viết rằng Maria Isabel de Alcântara, Nữ bá tước Iguaçu, con gái ngoài giá thú của ông ấy với Nữ hầu tước xứ Santos sẽ được nhận một nền giáo dục tốt ở châu Âu giống như chị gái của cô, Nữ công tước xứ Goiás. Tuy nhiên, nữ hầu tước từ chối gửi con gái của mình đến châu Âu. Dom Pedro cũng quy định các tài sản cho những đứa con ngoài giá thú khác của mình, làm giảm quyền thừa kế của Amélie và con gái ruột của cô; điều khoản cho thấy Dom Pedro yêu tất cả các con của mình, hợp pháp hay không hợp pháp.[19]

Amélie không bao giờ tái hôn; bà chuyển đến Palácio das Janelas Verdes ("Cung điện Cửa sổ xanh", còn được gọi là Palácio de Alvor-Pombal, hiện là nhà của Bảo tàng Nghệ thuật Cổ đại Quốc gia Bồ Đào Nha) và cống hiến hết mình cho các công việc từ thiện cũng như cho việc học của con gái bà. Công chúa Maria Amélia tỏ ra rất thông minh và là một nhạc sĩ tài ba.[6] Thỉnh thoảng, Amélie đến thăm Vương quốc Bayern cùng con gái. Mặc dù được chồng thuộc Hoàng tộc trị vì Bồ Đào Nha, nhưng họ không được coi là một phần của hoàng gia Bồ Đào Nha. Amélie yêu cầu được công nhận cho bản thân và con gái là thành viên của gia đình hoàng gia Brazil để được nhận trợ cấp, nhưng lúc này Hoàng đế Pedro II vẫn còn là trẻ vị thành niên, chưa chính thức được nắm quyền trị vì đất nước, nên Chính quyền Brazil đang thực hiện chế độ nhiếp chính, họ lo sợ cựu hoàng hậu sẽ ảnh hưởng đến các phe phái chính trị có thể gây hại cho chính phủ, cho nên chính phủ Brazil đã từ chối công nhận cô con gái Maria Amélie là công chúa Brazil và cấm hai mẹ con đặt chân đến đất nước này.

Tình hình đã thay đổi khi Dom Pedro II đến tuổi trưởng thành và được chính phủ trao trả hoàn toàn quyền trị vì đất nước. Mối quan hệ của ông với 2 mẹ con cựu hoàng hậu rất tốt, và vào ngày 5 tháng 7 năm 1841, Amélie và Maria Amélia được công nhận là thành viên của hoàng gia Brazil.[20] Trước đó, địa vị và vị trí của Maria Amélia trong hàng kế vị đã bị nghi ngờ, bởi vì bà được thụ thai ở Brazil trong khi cha bà, Pedro I, vẫn là hoàng đế, nhưng được sinh ra ở nước ngoài, sau khi ông thoái vị, và Hiến pháp Brazil được thông qua bởi Nghị viện Hoàng gia để giải quyết những nghi ngờ liên quan đến sự kế vị hoàng gia. Ngay sau khi bắt đầu triều đại của mình, Pedro II đã yêu cầu Nghị viện công nhận quyền của em gái mình. Vào ngày 5 tháng 7 năm 1841, Pedro II cuối cùng đã ký thành luật đạo luật được Quốc hội Brazil phê chuẩn, công nhận Maria Amélia là công chúa Brazil.

Công chúa Maria Amélia đã đính hôn với Đại công tước Maximilian của Áo (sau này là Hoàng đế Maximilian của Mexico) vào đầu năm 1852, nhưng ngay sau đó, công chúa bắt đầu có các triệu chứng của bệnh lao. Vì căn bệnh này, cô và mẹ chuyển đến Funchal, trên đảo Madeira, để tìm kiếm không khí trong lành hơn, và họ đến nơi vào ngày 31 tháng 8 năm 1852. Tuy nhiên, công chúa qua đời ở đó vì bệnh lao ở tuổi 22 vào ngày 4 tháng 2 năm 1853.[6][22] Cái chết của cô đã ảnh hưởng sâu sắc đến mẹ cô, người đã đến thăm mộ của Maria Amélia hàng năm vào ngày giỗ của cô, và tài trợ cho việc xây dựng một bệnh viện vẫn còn tồn tại ở Funchal, đặt theo tên của con gái mình - "Princesa Dona Maria Amélia", và để lại tài sản của bà ở Vương quốc Bayern cho Đại công tước Maximilian, "Nếu Chúa cứu cô con gái yêu dấu Maria Amelia, thì đây là người mà bà sẽ rất vui nếu trở thành con rễ".[23]